冷凍干燥機(jī)用于細(xì)菌領(lǐng)域也常被稱為菌種冷凍干燥機(jī)、細(xì)菌凍干機(jī)、菌種凍干機(jī)等，可以用于凍干保存細(xì)菌、菌種等，其操作步驟如下：

1. 所用培養(yǎng)基及凍干保護(hù)劑均高壓滅菌；

2. 取分離所得細(xì)菌菌液或甘油保存的細(xì)菌一環(huán)，在培養(yǎng)板上分區(qū)或蛇形劃板（大腸桿菌在麥康凱平板上劃板），37℃倒置培養(yǎng)過夜；

3. 取一只干凈的試管，倒入約10mL培養(yǎng)液（大腸桿菌用LB培養(yǎng)液），從培養(yǎng)過夜的平板中挑取一個單菌落于該培養(yǎng)液中，37℃振蕩培養(yǎng)過夜；

4. 取10個干凈的西林瓶，每瓶加入1mL凍干保護(hù)劑，再加入1mL培養(yǎng)過夜的菌液，蓋上橡膠塞，留出氣孔，標(biāo)記好之后放入-80℃冰箱使其冷凍；

5. 啟動冷凍干燥機(jī)預(yù)熱約30min，迅速將已冷凍的菌液放于冷凍干燥機(jī)上，一般十幾小時之后細(xì)菌已凍干，關(guān)閉冷凍干燥機(jī)，取出已凍干的細(xì)菌，壓蓋，放于-80℃超低溫冰箱保存，可達(dá)十年之久。